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Bulletin épidémiologique

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Surveillance et alerte épidémiologiques fondées sur les données du laboratoire de microbiologie

Le développement de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses et de la recherche en épidémiologie est l’un des objectifs de l’IHU Méditerranée Infection, qui comprend notamment l’introduction de nouveaux outils de détection des infections.

Le laboratoire de microbiologie de l’IHU a mis en place le programme EPIMIC, qui réalise une surveillance hebdomadaire à la fois syndromique, reposant sur le nombre de prélèvements reçus au laboratoire, et ciblée, reposant sur le diagnostic d’agents infectieux. Une augmentation significative est définie par un nombre de prélèvements ou de diagnostics supérieur à la moyenne des données historiques plus 2 écart-types, et génère une alerte visuelle (couleur rouge) (Colson et al., 2012a). L’analyse des données historiques (incluant des graphiques) permet également la mise en évidence de saisonnalités. EPIMIC surveille notamment des pathogènes critiques en terme de mortalité, impliqués dans les infections nosocomiales, et la résistance aux antibiotiques. EPIMIC a notamment permis d’alerter sur la survenue de différents éléments anormaux incluant une saisonnalité des bactériémies à Klebsiella pneumoniae (Anderson et al., 2009), une augmentation des angines à Streptococcus pyogenes (Parola et al., 2011), une augmentation des cas d’infections à Acinetobacter baumanii résistants à l’imipenem (Kempf et al., 2012), une augmentation des cas d’hépatites E début 2011 (Colson et al., 2012b).

Le programme EPIMIC surveille actuellement près de 400 paramètres et les données historiques comportent plus de 11 millions d’évènements, avec une durée de suivi moyenne d’environ 5 années. EPIMIC fonctionne sur le logiciel Microsoft Excel.

 

Références :

Anderson DJ, Richet H, Chen LF, Spelman DW, Hung YJ, Huang AT, Sexton DJ, Raoult D. Seasonal variation in Klebsiella pneumoniae bloodstream infection on 4 continents. J Infect Dis 2008;197(5):752-6.

Colson P, Richet H, Rolain JM, Parola P, Charrel R, Raoult D. EPIMIC: a simple home-made computer program for EPIdemiological bio- surveillance and alert based on MICrobiologic data. Clin Microbiol Infect 2012a;18(s3):74/O469.

Colson P, Romanet P, Moal V, Borentain P, Purgus R, Benezech A, Motte A, Gérolami R. Autochthonous infections with hepatitis E virus genotype 4 in France as a possible effect of globalization of zoonosis. Emerg Infect Dis 2012b;18(8):1361-4.

Kempf M, Rolain JM, Azza S, Diene S, Joly-Guillou ML, Dubourg G, Colson P, Papazian L, Richet H, Fournier PE, Raoult D. Investigation of Acinetobacter baumannii resistance to carbapenems in the south of France: a transition from an epidemic to an endemic situation. APMIS, in press.

Parola P, Colson P, Dubourg G, Million M, Charrel R, Minodier P, Raoult D. Letter to the editor. Group A streptococcal infections during the seasonal influenza outbreak 2010/11 in South East England. Euro Surveill 2011;16(11).

P. COLSON, JM ROLAIN, C ABAT, R. CHARREL, PE FOURNIER, D. RAOULT. EPIMIC: a simple homemade computer program for real-time EPIdemiological surveillance and alert based on MICrobiological data. PLoS One. 2015 Dec 14;10(12):e0144178.

Cédric Abat, Hervé Chaudet, Philippe Colson, Jean-Marc Rolain, Didier Raoult. A real-time microbiology laboratory surveillance system implemented for the detection of abnormal events and emerging infections, Marseille, France. Emerg Infect Dis. 2015 Aug;21(8):1302-10. 

 


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