Nous avons le plaisir de vous informer que deux nouveaux séquenceurs transcriptomiques ont été livrés à l’IHU Méditerranée Infection. Ces équipements ont été acquis grâce au cofinancement du FEDER (Fonds européen de développement régional) et du CPER (Contrat de plan État-Région) dans le cadre du projet IHUPERF 1 – plateforme génomique.
Objectifs du projet IHUPERF 1
Le projet IHUPERF 1 vise à renforcer les infrastructures de recherche au sein de l’IHU, avec un accent particulier sur l’amélioration de la compétitivité scientifique et l’accès à des technologies de pointe. En dotant notre institut de matériel à la pointe de l’innovation, ce projet nous permettra de :
- Positionner l’IHU comme un leader international en infectiologie et microbiologie ;
- Favoriser les collaborations à l’échelle européenne et internationale ;
- Accélérer la mise au point de traitements innovants.
Plus spécifiquement, ces séquenceurs équipés d’une technologie unique de stéréoséquencage permettront (entre autres) :
- De répondre aux questions des chercheurs sur l’interface tissu-micro-organismes et plusieurs applications sont déjà anticipées. Parmi celles-ci, notamment la maladie des griffes du chat, la tularémie, les mécanismes de développement des endocardites infectieuses, ou la genèse des tumeurs dans des tissus infectés chroniquement par des virus ;
- De renforcer nos collaborations avec des équipes académiques et des industriels sur le rôle du microbiote dans la réponse aux traitements anti-cancéreux.
Outre répondre aux besoins de l’IHU Méditerranée Infection, le projet IHUPERF-1 permettra de renforcer l’attractivité de la plateforme génomique de l’IHU Méditerranée Infection en mettant à disposition de l’ensemble des acteurs académiques et industriels locaux, nationaux et internationaux des matériels de dernière génération et des compétences reconnues en génomique, ainsi qu’à la filière biomédicale, favorisant l’innovation sur différentes thématiques de recherche en santé (Oncologie, neurologie, etc.).
Modèle DNBSEQ-G400RS
Modèle DNBSEQ-T7RS
Présentation des équipements
Modèle DNBSEQ-G400RS : Ce séquenceur à haut débit produit jusqu’à 330 Gb de séquences par run. Il est dédié au stéréo-séquençage de première intention, permettant une exploration globale du transcriptome d’un tissu à des formats de reads de 100 ou 150 bp.
Modèle DNBSEQ-T7RS : Ce séquenceur à très haut débit produit jusqu’à 4 Tb par run. Il permet d’accéder au transcriptome individuel de chaque cellule dans un fragment de tissu d’environ 1 cm², avec des formats de reads variant de 50 à 150 bp.
Le caractère unique de la technologie Stéréo-seq (uniquement disponible sur les séquenceurs MGI) réside dans le fait qu’elle permet de faire un séquençage complet avec une résolution permettant d’avoir des résultats au niveau de chaque cellule composant un tissu et non pas au niveau plus macroscopique d’un tissu de taille plus ou moins grande. Cette double spécificité fait l’objet d’un brevet et est par conséquent sans équivalent notamment dans un contexte d’étude d’interactions entre cellules humaines et cellules microbiennes.
À ce jour, c’est le seul test de transcriptomique in situ qui donne simultanément une résolution subcellulaire et une capture transcriptomique complète impartiale.
Remerciements aux cofinanceurs
Nous tenons à exprimer notre gratitude à l’ensemble de nos cofinanceurs : l’Union Européenne à travers le Fonds européen de développement régional, la Région Sud Provence-Alpes-Côte d’Azur et la Ville de Marseille dans le cadre du projet IHUPERF-1, dont le soutien a été essentiel pour l’acquisition de ces équipements. Leur contribution renforce notre capacité à mener des recherches d’avant-garde au service de la santé publique.
Le projet IHUPERF-1 est le premier volet du projet global IHUPERF – Performance des plateformes communes de recherche de l’IHU Méditerranée Infection qui est soutenu aussi par l’État, la Métropole Aix-Marseille-Provence et le Département des Bouches-du-Rhône.
