Composition de l’équipe
L’équipe est composée de chercheurs et d’ingénieurs
PRÉSENTATION
L’étude du microbiote humain a connu un essor non négligeable avec l’avènement des méthodes de séquençage de nouvelle génération. Les nombreuses études menées grâce à cette technologie ont permis d’étendre la connaissance du microbiote humain ainsi que son importance pour la santé. Cependant, l’étude du microbiote humain par métagénomique présente des biais parmi lesquelles une absence de détection des espèces minoritaires et d’information sur les espèces vivantes. C’est dans ce contexte que la culturomics a été conçue afin d’explorer aussi exhaustivement que possible un échantillon de selle humaine. Pour cela, de multiples conditions de culture ont été testées avec des variations de paramètres physico-chimiques tels que le milieu de culture, la température, l’atmosphère et le pH. Ces différentes conditions de culture génèrent de nombreuses colonies bactériennes, ce qui nécessite donc une stratégie d’identification efficace, ici le MALDI-TOF MS et le cas échéant le séquençage du génome. Cette approche de culturomics initialement développée pour mieux connaitre le microbiote intestinal a connu une expansion continue et a nécessité la mise en place d’une plateforme dédiée à cette activité. L’approche de culturomics s’inscrit dans une stratégie d’amélioration continue et ainsi, de 212 conditions de culture initialement testées en 2009, nous sommes actuellement à trois conditions de culture pour l’étude du microbiote intestinal, ce qui réduit drastiquement le coût ainsi que le délai d’obtention des résultats.
EXPERTISE
Notre expertise consiste en l’exploration du microbiote humain par approche de culture. Cette expertise est mise en évidence par les nombreuses nouvelles espèces identifiées ici. En effet, près d’un quart des bactéries humaines cultivées l’ont été pour la première fois à l’IHU par notre approche. De plus, les dernières évolutions de notre méthodologie permettent d’isoler et d’identifier des espèces d’intérêt du microbiote intestinal en 72 heures. Cela inclut des espèces des genres Alistipes, Barnesiella, Blautia, Bifidobacterium, Coprococcus, Faecalibacterium pour ne citer que ceux-là.
ÉQUIPEMENT ET TECHNOLOGIES
- MALDI-TOF : LT Microflex, Sirius de Bruker Daltonics
- Enceintes anaérobies (Don Whitley, A55)
OUTILS INFORMATIQUES
- MBT Compass explorer
SPÉCIFICITÉ
La plateforme culturomics contient tous les équipements, matériels, consommables et réactifs nécessaires à la culture à haut débit. Ainsi, nous avons deux enceintes anaérobies ainsi que le matériel nécessaire au maintien de l’anaérobiose.
De plus, quatre MALDI-TOF de type LT Microflex et Sirius sont disponibles sur la plateforme, permettant ainsi une grande capacité d’identification bactérienne. Les nombreuses références ajoutées à la base de données Bruker grâce aux travaux menés sur la plateforme nous permet de bénéficier d’une des bases de spectres MALDI-TOF les plus extensives au monde.
