Présentation
L’unité de Crise en Maladies Infectieuses (CEMI) du laboratoire diagnostique de microbiologie clinique de l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Méditerranée Infection, est situé sur le site de la Timone. Il fait partie du Pôle Infectiologie de l’Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille. Chef de service : Pr Bernard LA SCOLA, Cadre technique : Laurence THOMAS, Ingénieur NSB3 : Nathalie WURTZ.
Il réalise les analyses diagnostiques en lien avec les agents infectieux responsables de maladies infectieuses hautement pathogènes et/ou agents potentiels de bioterrorisme, notamment la recherche de Bacillus anthracis dans les poudres et échantillons suspects.
Les manipulations dans le cadre de l’activité CEMI sont réalisées en laboratoire de niveau de sécurité biologique 3 (NSB3) et au niveau d’un point of care (POC) dans le service d’hospitalisation du troisième étage. Ces zones sont en dépression par rapport à l’extérieur pour éviter tout transfert de micro-organismes de l’intérieur vers l’extérieur du laboratoire, de façon permanente pour le laboratoire NSB3 et en cas d’admission d’un patient infecté par un microorganisme hautement pathogène contagieux. Des afficheurs de type manomètre à colonne liquide, localisés à l’entrée de chaque zone permettent de visualiser les dépressions régnant dans les différentes zones. Les équipements de protection individuelle (EPI) sont indispensable dans ce type de laboratoire et adaptée au risque évalué.
Ce laboratoire comporte toutes les technologies permettant le diagnostic microbiologique des agents concernés mais aussi les analyses biologiques de base, l’ensemble étant réalisé en laboratoire de confinement 3 sous un poste de sécurité microbiologique de classe 3.
Le laboratoire a été équipé récemment d’un automate de diagnostic moléculaire (FilmArray Biomerieux) autorisant la détection par panels des agents concernés et des agents non classés du diagnostic différentiel. Le temps de manipulation pour prépare l’échantillon ne dépasse pas 2 min et le résultat est obtenu en environ 1h.
Le laboratoire a été équipé récemment d’un automate de diagnostic moléculaire (FilmArray Biomerieux) autorisant la détection par panels des agents concernés et des agents non classés du diagnostic différentiel. Le temps de manipulation pour prépare l’échantillon ne dépasse pas 2 min et le résultat est obtenu en environ 1h
Le panel « bioterrorisme » permet de détecter :
- Bacillus anthracis
- Brucella melitensis
- Burkholderia mallei/pseudomallei
- Clostridium botulinum
- Coxiella burnetii
- Ebola virus (Zaire)
- EEE virus
- F. tularensis
- Marburg virus
- Ricinus communis
- Rickettsia prowazekii
- Variola virus
- VEE virus
- WEE virus
- Yersinia pestis
- Orthopox virus
Le panel « respiratoire » permet de détecter :
- Adenovirus
- Coronavirus (HKU1, NL63, 229E, C4)
- MERS coronavirus
- Human metapneumovirus
- Rhinovirus
- Virus grippe A
- Virus grippe B
- Parainfluenza virus (1, 2, 3, 4)
- VRS
- Bordetella pertussis/parapertussis
- Chlamydia pneumoniae
- Mycoplasma pneumoniae
En fonction des cas et des astreintes, la validation des résultats est assurée par les différents biologistes séniors du laboratoire.
Il est possible de réaliser aussi les paramètres de base de biologie (numération formule sanguine, biochimie, coagulation), les groupages sanguins en collaboration avec l’EFS, certains tests de détection rapide (Paludisme, Legionella urinaire) ainsi que le diagnostic microbiologique de base chez les patients infectés ou suspects de maladies infectieuses hautement pathogène comme celle à virus Ebola (ECBU, hémocultures…).
L’unité CEMI peut fonctionner 24 h/24 7 jours/7 en période de crise, ce fonctionnement étant dicté par l’actualité sanitaire. Sinon le mode de fonctionnement est un système d’astreinte du lundi au samedi entre 8h et 17h. Les techniciens affectés à cette activité ont tous une formation spécifique pour travailler en atmosphère confinée et suivent des entrainements réguliers.
L’activité CEMI est une activité de l’APHM en tant qu’établissement référent pour la zone de défense civile Sud. La prescription des analyses destinée au CEMI est très contrôlée, elle passe soit par l’intermédiaire du médecin coordonnateur de service de maladies infectieuses du Pôle infectiologie soit par les médecins du SAMU. L’envoi des échantillons se fait donc toujours après accord préalable avec le sénior référent du secteur CEMI. L’envoi de poudres suspectes fait dans le cadre du réseau biotox-piratox doit se faire après levée de doute par la cellule nationale de conseil (CNC) en lien avec la préfecture. Les échantillons doivent être acheminés au laboratoire dans des conditions spécifiques, essentiellement triple emballage de sécurité disponibles auprès de la réception du laboratoire de microbiologie (mettre lien).
