Le Centre National de Référence des Rickettsies, Coxiella et Bartonella (CNR), créé en 1985, a vu son agrément renouvelé par le ministère de la Santé pour la période du 1er janvier 2023 au 31 décembre 2027 (JORF n°0303 du 31-12-2022, texte n°174).
Responsables
Pr Pierre-Edouard FOURNIER, PU-PH
Pr Florence FENOLLAR, PU-PH
Démarche qualité
Les activités de sérologie du CNR ont fait l’objet d’une accréditation cofrac en iso 15189 (version 2007) sous la référence 8-3446 rév 0
Contact
Laboratoire du CNR des Rickettsioses.
Pr Pierre-Edouard FOURNIER, PU-PH
Pr Florence FENOLLAR, PU-PH
Pr Matthieur MILLION, PU-PH
Dr Sophie EDOUARD, MCU-PH
Activités d’expertises du CNR
Résumé de la production d’expertise en 2022
11446 sérums reçus et testés pour la présence d’anticorps contre Coxiella burnetii, Rickettsia sp. et Bartonella sp.
8776 échantillons biologiques divers (sang, biopsies, liquides de ponctions, arthropodes …) reçus pour PCR et culture
127 nouveaux cas de fièvre Q aigüe
84 nouveaux cas de fièvre Q persistante focalisée
55 nouveaux cas de rickettsioses :
– 18 cas de Scalp Eschar and Neck Lymph-Adenopathy after Tick Bite (SENLAT)
– 14 cas de fièvre boutonneuse méditerranéenne
– 17 cas d’African tick-bite fever
– 5 cas de Lymphangitis Associated Rickettsiosis (LAR)
– 1 cas de typhus murin (R. typhi).
85 infections à Bartonella dont 52 maladies des griffes du chat, 31 endocardites et 2 autres formes
Isolement de 9 souches de Coxiella burnetii, de 1 souche de Rickettsia et de 1 souche de Bartonella,
30 génomes de Coxiella burnetii séquencés et 9 de Rickettsia sp.
Le CNR reçoit plus de 20 000 prélèvements (sérum, sang, biopsies diverses et arthropodes) par an de plus de 300 laboratoires publics et privés de France et de nombreux pays étrangers afin d’effectuer le diagnostic d’infections à bactéries intracellulaires de culture difficile.
Missions du CNR des Rickettsies, Coxiella et Bartonella
Diagnostic sérologique, moléculaire et culture des infections causées par les bactéries des genres Rickettsia, Bartonella, Coxiella.
Expertise concernant la microbiologie et la pathogénie des bactéries des genres Rickettsia, Coxiella et Bartonella
Contribution à la surveillance épidémiologique des maladies causées par ces bactéries
Alerte par l’information immédiate de Santé Publique France et du ministère de la Santé de toute constatation pouvant avoir des répercussions sur l’état sanitaire de la population
Conseil des pouvoirs publics, des agences de sécurité sanitaire et des professionnels de santé
Techniques de référence utilisées au CNR
La sérologie
La sérologie est un outil de première intention pour le diagnostic et le suivi thérapeutique des maladies surveillées par le CNR.
Immunofluorescence indirecte
La sérologie se fait en routine par immunofluorescence indirecte (méthode de référence). Tous les antigènes sont cultivés au laboratoire de niveau de sécurité biologique 3 de l’IHU Méditerranée Infection.
- Coxiella burnetii (souche Nine Mile) phase II sest produite sur fibroblastes embryonnaires humains HEL. Les antigènes de phase I sont obtenus par réactivation du phénotype virulent par passage sur cobaye. Les valeurs seuils utilisées pour le diagnostic de fièvre Q aiguë sont ≥ 1 :200 et ≥ 1 :50 pour les IgG et les IgM de phase II, respectivement, et IgG de phase I ≥ 1 :800 sont en faveur d’une infection persistante et focalisée.
- Les rickettsies sont produites sur cellules de rein de singe de type Véro pour les rickettsies du groupe boutonneux, à l’exception de felis qui est cultivée sur fibroblastes de crapauds de type XTC2, et sur fibroblastes murins de type L929 pour les rickettsies du groupe typhus. Les valeurs seuils utilisées pour le diagnostic de fièvre boutonneuse méditerranéenne sont > 1 :128 et ≥ 1 :64 pour les IgG et les IgM, respectivement, et ≥ 1 :64 et ≥ 1 :32 pour les IgG et les IgM, respectivement, pour le diagnostic des autres rickettsioses.
- Les Bartonella sont produites sur cellules endothéliales humaines de type ECV-304. La valeur seuil utilisée pour le diagnostic de maladie des griffes du chat est ≥ 1 :100 pour les IgG, et ≥ 1 :800 pour les IgG pour le diagnostic d’endocardite.
Le laboratoire possède une collection importante d’antigènes originaires de tous les continents, ce qui permet d’adapter les panels d’antigènes à l’épidémiologie des différentes zones d’endémie.
Les antigènes testés pour un sérum donné en dépistage varient en fonction du lieu où les patients ont été contaminés.
Les patients européens sont testés contre C. burnetii, B. henselae, B. quintana, A. phagocytophilum, R. conorii subsp. conorii, R. slovaca, R. sibirica subsp. mongolitimonae, R. massiliae, R. helvetica, R. felis, et R. typhi. Les patients contaminés en Afrique sont testés contre C. burnetii, B. henselae, B. quintana, R. conorii subsp. conorii, R. conorii subsp. israelensis, R. sibirica subsp. mongolitimonae, R. aeschlimannii, R. felis, et R. typhi. Les patients contaminés en Asie sont testés contre C. burnetii, B. henselae, B. quintana, R. conorii subsp. indica, R. japonica, R. honei, R. tamurae, R. helvetica, R. felis, R. typhi, et Orientia tsutsugamushi souches Kawazaki et Gilliam. Les patients contaminés en Amérique sont testés contre C. burnetii, B. henselae, B. bacilliformis, B. quintana, A. phagocytophilum, R. rickettsii, R. parkeri, R. africae, R. conorii subsp. Conorii, R. felis, et R. typhi.
Western blot
Il est surtout réalisé pour confirmer le diagnostic de rickettsiose ou d’endocardite à Bartonella.
Il permet soit directement soit après adsorption croisée de préciser l’espèce en cause.
Détection moléculaire
La détection moléculaire des bactéries intracellulaires est un outil de tout premier plan, notamment sur les arthropodes, biopsies cutanées, ou échantillons de sang EDTA
Tous les tests de PCR actuellement utilisés ont été développés au sein du CNR, validés et ont fait l’objet de publications scientifiques internationales.
Nous réalisons également le génotypage des bactéries intracellulaires par multispacer typing (MST) ou séquençage génomique.
Culture
La culture cellulaire est réalisée sur les prélèvements avec une PCR positive et sur les échantillons reçus par le CNR avec une demande spécifique de culture. Elle est possible sur tout type de biopsies, arthropodes, sang hépariné ou autres liquides biologiques.
La culture des bactéries intracellulaires est un travail délicat et est réalisée uniquement dans certains laboratoires spécialisés par du personnel qualifié et expérimenté. Certaines bactéries, à fort potentiel d’infectiosité (dont C. burnetii), peuvent être cultivées uniquement dans des laboratoires de niveau de sécurité biologique 3. L’isolement des bactéries intracellulaires dans notre CNR est basé sur un microsystème de culture cellulaire avec centrifugation appelé « shell vial » ou « tubes bijoux » qui consiste en un tapis de cellules cultivées sur lamelle placé au fond du tube de 1 cm de diamètre et met en jeu une étape de centrifugation des prélèvements pour augmenter le ratio bactéries/cellules.
Le délai de positivité d’une culture est variable allant de 7 jours à plusieurs mois pour les souches les plus fastidieuses.
Collections de souches
A ce jour, plus de 1500 souches de bactéries intracellulaires sont conservées dans la Collection de Souches de l’Unité des Rickettsies (CSUR), dont:
- 664 souches de Bartonella
- 235 souches de Rickettsia
- 372 souches de Coxiella burnetii
Délais moyens des restitutions des résultats
SEROLOGIE
CULTURE
PCR
24 à 72 heures
24 à 72 heures
7j à plusieurs mois
Liste des techniques recommandées par le CNR
Pour le diagnostic des Bartonelloses
Pour le diagnostic de Rickettsioses
Pour le diagnostic de la Fièvre Q
Sérologie par immunofluorescence indirecte
Détection moléculaire : par ciblage des gènes gltA et/ou ompA
Génotypage : multispacer typing (MST) ou séquençage génomique
Sérologie par immunofluorescence
Détection moléculaire : par ciblage du gène FTSZ et de la séquence intergénique 16S-23S rRNA
Génotypage : multispacer typing (MST) ou séquençage génomique
Sérologie par immunofluorescence indirecte
Détection moléculaire : par ciblage des gènes gltA et/ou ompA
Génotypage : multispacer typing (MST) ou séquençage génomique
