Contact
RESPONSABLES
Directeur de l’équipe et Responsable Scientifique : Jacques Bou Khalil
Responsable Technique : Omar Zmerli
Contact Plateforme : omar.zmerli@mediterranee-infection.com
Composition de l’équipe
L’équipe se compose d’une ingénieure, d’une technicienne et de deux doctorants.
PRÉSENTATION
La plateforme de Microscopie Électronique à Balayage (MEB) de l’IHU est dédiée à l’étude des micro-organismes dans divers domaines de la microbiologie. La Microscopie Électronique à Balayage est une technique qui, par le balayage d’un échantillon avec un faisceau d’électrons, produit des images détaillées de sa surface. L’analyse dispersive en énergie (EDX), qui fait partie des capacités de cette plateforme, permet de réaliser des analyses quantitatives ou qualitatives des éléments chimiques présents dans un échantillon solide, avec une résolution allant de quelques centaines de nanomètres à quelques micromètres.
Cette technique est particulièrement précieuse en microbiologie, car elle combine une technologie novatrice avec une facilité d’utilisation et une grande polyvalence. Cela permet l’observation détaillée d’une large variété d’échantillons, qu’ils soient d’origine clinique ou environnementale, ce qui en fait un outil essentiel pour les chercheurs de l’IHU. La plateforme de MEB est solidement intégrée au sein de l’IHU, où elle joue un rôle central dans de nombreuses collaborations avec l’ensemble des équipes de recherche. Ces équipes tirent pleinement parti de cette nouvelle technologie, qui se distingue par sa facilité d’utilisation et sa capacité à analyser un grand nombre d’échantillons à haut débit. De plus en plus de chercheurs intègrent cette approche innovante dans leurs travaux, enrichissant ainsi la qualité et la précision de leurs recherches.
La technologie MEB représente un retour en force majeur dans le domaine de la microbiologie. En offrant une méthode avancée pour l’observation et l’analyse des micro-organismes, le MEB redéfinit les possibilités d’exploration scientifique. Sa réintroduction et son adoption croissante témoignent de son importance et de son potentiel à transformer les pratiques de recherche.
EXPERTISE
Les spécificités de la plateforme de Microscopie Électronique à Balayage (MEB) de l’IHU résident dans plusieurs aspects clés qui reflètent son expertise et son innovation. Tout d’abord, la plateforme intègre la technologie de pointe du MEB de table, qui permet une observation de haute résolution tout en offrant une facilité d’utilisation remarquable. Cette technologie de MEB de table est conçue pour être compacte tout en offrant des performances exceptionnelles, ce qui la rend idéale pour un usage routinier en laboratoire.
La plateforme est également polyvalente, permettant l’examen direct d’une vaste gamme d’échantillons, allant des échantillons cliniques aux échantillons environnementaux de nombreux domaines différents tels que la bactériologie, la virologie, la mycologie, la parasitologie ou encore l’entomologie. Cette capacité à analyser divers types d’échantillons avec précision, combinée à la rapidité et à la simplicité d’utilisation des équipements disponibles, fait de la plateforme un outil précieux et performant pour la recherche microbiologique. La plateforme est également capable d’effectuer des analyses traditionnelles, y compris l’observation de coupes ultrafines et d’autres techniques classiques. Des échantillons provenant d’hémocultures, d’écouvillonnages nasaux, de prélèvements d’urine, de salive ou même de valves cardiaques sont préparés sur lame ou filtre afin d’observer la présence de micro-organismes, de déterminer la viabilité des bactéries ou bien d’identifier et de décrire morphologiquement des espèces bactériennes, fongiques ou des parasites. Il est également possible de détecter la croissance et de décrire les cycles infectieux de virus ou de bactéries intracellulaire, ou encore de déterminer la signature élémentaire d’espèces notamment en mycologie.
En outre, la plateforme se distingue par son optimisation de la préparation rapide des échantillons. Les méthodes de préparation ont été ajustées pour garantir une efficacité maximale, réduisant ainsi le temps nécessaire pour obtenir des images de haute qualité. Cette rapidité est essentielle pour traiter un grand nombre d’échantillons dans des délais courts.
ÉQUIPEMENT ET TECHNOLOGIES
La plateforme a à sa disposition trois microscopes électroniques à balayage de table « Hitachi TM4000PlusII Tabletop Microscope » permettant l’acquisition rapide et en haute résolution d’images électroniques pour divers types d’échantillons dont l’un d’entre eux est couplé à un détecteur EDX capable d’analyser la composition élémentaire des échantillons observés.
La plateforme dispose également d’un microscope électronique à balayage SU5000, plus performant et équipé de détecteurs d’électrons secondaires (SE) ou électrons rétrodiffusés (BSE) donnant la possibilité d’observer des échantillons sur une plage utile allant de x18 à x1,000,000 (selon mode). Il est également couplé à système de microanalyse à sélection d’énergie (EDS/EDX) en modes ponctuel, multipoints ou cartographe (avec traitement qualitatif ou quantitatif) capable de déterminer la composition élémentaire d’une cellule bactérienne unique. Tous les microscopes sont munis d’un système d’acquisition d’images multichamps automatique.
Enfin, un métalliseur « Hitachi MC1000 Ion Sputter » est disponible pour déposer une fine couche de métal, telle qu’un alliage platine-palladium (Pt-Pd), afin de rendre la surface d’un échantillon électriquement conductrice et d’éviter l’accumulation de charges lors de l’observation dans un MEB.
Ces appareils sont mis à disposition grâce à la collaboration scientifique de recherche de l’IHU Méditerranée Infection avec la société Hitachi High Technologies.
OUTILS INFORMATIQUES
Des logiciels d’acquisition d’images sont associés aux différents microscopes électroniques et aux détecteurs EDS. La plateforme a recours à des logiciels d’analyse d’image tels que ImageJ et ImagePro permettant une analyse approfondie et méthodique d’images, ainsi qu’une approche automatisée pour l’analyse d’images à haut débit.
SPÉCIFICITÉ
Grâce au large panel de possibilités que peut offrir la microscopie électronique à balayage, il est possible d’analyser plusieurs échantillons simultanément et par conséquent de travailler en collaboration avec d’autres équipes sur divers projets traitant d’échantillons microbiologiques mais aussi environnementaux afin d’observer les ultrastructures, les surfaces ou encore la composition notamment grâce à l’EDX.
Tous les projets en collaboration sont soumis à une validation et à une optimisation des méthodes de préparation des échantillons par le directeur de l’équipe. Les étapes de préparation des échantillons et d’acquisition d’images sont accompagnées d’encadrement technique et/ou scientifique par le directeur et les membres d’equipe. L’accès au microscope est strictement réservé aux utilisateurs habilités. Sont reconnus comme utilisateurs habilités, toute personne ayant, au préalable suivi une formation à l’utilisation auprès de l’équipe, afin d’utiliser le microscope de façon autonome.
