Composition de l’équipe
L’équipe est composée d’un ingénieur hospitalier en microscopie électronique APHM
PRÉSENTATION
La plateforme de Microscopie Electronique a Transmission (MET) de l’IHU Méditerranée Infection offre une expertise unique dans le domaine des maladies infectieuses.
La plateforme MET permet en effet la caractérisation morphologique et ultrastructurale à l’échelle nanométrique de nouveaux microorganismes ainsi que l’analyse du cycle infectieux de bactéries et virus connus ou émergents (1,4,9,10,11,14) dans leurs hôtes cellulaires. La visualisation de micro-organismes pathogènes ou environnementaux peut ainsi offrir une meilleure compréhension de leur biologie et un diagnostic infectieux rapide (1,3,12,13).
Sur la plateforme MET sont analysés des échantillons de patients de l’Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille (APHM), tels des biopsies (8). La plateforme MET offre donc une visée transversale de diagnostic et de recherche, comme cela a notamment été le cas lors de la crise du Sars-CoV-2 (4,6,7,9,13) ou plus récemment avec l’épidémie de variole du singe (1).
La plateforme MET s’appuie un microscope électronique à transmission (Tecnai G2; FEI/ThermoFisher) de l’Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille (APHM) offrant une résolution de 2.4 Å (2.4 10-10 m) ainsi que sur des équipements dédiés à la préparation des échantillons qui permettent l’étude des détails les plus fins de l’architecture de cellules infectées et des plus petits virus.
Les microbes observés peuvent être analysés entiers (technique de la coloration négative) ou en coupes ultra-fines (techniques de l’inclusion en résine et ultramicrotomie). Des reconstructions en trois-dimensions (3D) sont également réalisées sur la plateforme avec la technique de tomographie 3D (10,14).
Les expérimentations s’effectuent suivant les bonnes pratiques de laboratoire, avec l’appui de la cellules Hygiène et Sécurité du laboratoire, dans un local agréé permettant la manipulation des micro-organismes ou toxines hautement pathogènes (règlementation MOT).
L’expertise du personnel permet de répondre aux besoins des utilisateurs de l’IHU et collaborateurs en répondant dans les meilleurs délais avec la meilleure solution. Des formations théoriques et pratiques à la préparation des échantillons et à la manipulation du MET sont régulièrement offertes aux personnels de l’IHU, étudiants comme chercheurs.
Au travail de routine réalisé sur la plateforme MET s’ajoute des développements qui visent à accélérer les méthodes de microscopie électronique dans l’optique d’obtenir des images le plus rapidement possible (2, 7), pour les projets de recherche et le diagnostic infectieux des patients de l’APHM.
Enfin, la plateforme MET fait partie du Réseau d’Imagerie en Microscopie Electronique (RIME ; https://rime.cnrs.fr/) et s’implique activement dans diverses collaborations scientifiques (4,5,10), notamment dans le développement de l’intelligence artificielle pour le traitement et l’analyse des images (Collaboration avec le LIS Marseille – Projet SEMENDO-Base – AMU Amidex). La plateforme MET a reçu en 2023 l’appui de la Société Française des Microscopies par le financement d’une bourse pour le projet d’un étudiant M2 (15).
EXPERTISE
La plateforme MET offre une expertise dans la préparation des échantillons, avec les techniques de coloration négative, d’inclusion en résine et d’ultramicrotomie et l’opération du MET. La plateforme MET est également experte en reconstructions 3D par la technique de tomographie électronique.
ÉQUIPEMENT ET TECHNOLOGIES
Les équipements disponibles sont :
- Microscope électronique à transmission FEI/ThermoFisher 200 keV Tecnai G2 équipé d’une caméra Eagle (FEI) d’une résolution de 4096 × 4096 pixels (APHM).
- Appareil K100X de glow-discharge (Quorum Emitech ; APHM).
- Ultracentrifugeuse (APHM).
- Hotte chimique (APHM).
- Four à micro-ondes pour inclusion en résine rapide PELCO Biowave Pro+ (IHU).
- Etuve (APHM).
- (Cryo)-ultramicrotome Leica UC7 (APHM).
OFFRE DE SERVICE
La plateforme MET est ouverte à la mise-a-disposition de son microscope électronique à transmission, ainsi que réactifs pour coloration négative, grilles, hotte chimique, four à micro-ondes dédié pour inclusion en résine rapide, étuve, ultramicrotome et couteaux diamant pour répondre à vos besoins.
Nous offrons des consultations expertes à chaque étape de votre projet, ainsi que les techniques de coloration négative, inclusion en résine, ultramicrotomie, acquisition d’images en MET et analyse des images. Des formations pour vous aider à progresser théoriquement ou techniquement, ainsi que des formules ‘end-to-end’, de l’échantillon à l’image sont possibles.
