Composition de l’équipe
L’équipe biobanque est composée de
> 4 techniciens
> 2 ingénieurs
> 1 cadre
> 1 responsable biologiste
PRÉSENTATION
L’activité de séquençage des acides nucléiques d’agents infectieux a été initiée dès 1993 dans les laboratoires de diagnostic et de recherche actuellement regroupés au sein de l’IHU Méditerranée Infection. Les technologies de séquençage de nouvelle génération y ont été introduites dès 2006.
La plateforme actuelle de séquençage de nouvelle génération et génomique utilise les technologies Illumina et Oxford Nanopore. Elle est le support d’un nombre important de projets de recherches comprenant le séquençage de génomes complets ou partiels de virus, bactéries, champignons et parasites, et de métagénomes (séquençage de tous les acides nucléiques) à partir d’échantillons cliniques ou de cultures virales ou microbiennes. Ces projets permettent d’identifier des agents infectieux connus, génétiquement divergents, et nouveaux ; de caractériser leurs génomes et leur évolution ; de caractériser les éléments associés à la transmissibilité, à la pathogénicité, et à la sensibilité aux traitements.
120
échantillons séquencés chaque semaine
Plus de 5 000
génomes bactériens obtenus dans le laboratoire
Plus de 70 000
génomes viraux complets obtenus dans le laboratoire
240
publications sur les génomes de microorganisme
200
articles de génomes de virus
Plus de 25 000
génomes partiels obtenus dans le laboratoire
EXPERTISE
- Séquençage NGS de génomes partiels et complets de virus, et microorganismes (bactéries, CPR, archaea, champignons microscopiques, parasites)
- Séquençage d’amplicons (métagénomique ciblée, séquençage de gènes et profond)
- Métagénomique
- Transcriptomique
ÉQUIPEMENT ET TECHNOLOGIES
|
TECHNOLOGIE |
SÉQUENCEUR | NOMBRE |
| ILLUMINA | MiSeq | 4 |
| ILLUMINA | NovaSeq | 1 |
| OXFORD NANOPORE | MinION | 3 |
| OXFORD NANOPORE | GridION | 3 |
| OXFORD NANOPORE | P2 SOLO / PromethION |
1 |
OUTILS ET ANALYSES ET BIOINFORMATIQUES
L’équipe NGS et génomique dispose d’un serveur bioinformatique composé de 3 espaces de stockage NAS de 30 To chacun (permettant la réception des données de séquençage directement depuis les séquenceurs, leur stockage, leur transfert, et leur analyse bioinformatique).
La plateforme NGS et génomique est connectée à la plateforme bioinformatique.
PUBLICATIONS
Amrane S, Hocquart M, Afouda P, Kuete E, Pham TP, Dione N, Ngom II, Valles C, Bachar D, Raoult D, Lagier JC. Metagenomic and culturomic analysis of gut microbiota dysbiosis during Clostridium difficile infection. Sci Rep. 2019 Sep 5;9(1):12807. doi: 10.1038/s41598-019-49189-8. PMID: 31488869.
Baron SA, Cassir N, Hamel M, Hadjadj L, Saidani N, Dubourg G, Rolain JM. Risk factors for acquisition of colistin-resistant Klebsiella pneumoniae and expansion of a colistin-resistant ST307 epidemic clone in hospitals in Marseille, France, 2014 to 2017.Euro Surveill. 2021 May;26(21):2000022. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.21.2000022. PMID: 34047270.
Colson P, Penant G, Delerce J, Boschi C, Wurtz N, Bedotto M, Branger S, Brouqui P, Parola P, Lagier JC, Cassir N, Tissot-Dupont H, Million M, Aherfi S, La Scola B. Sequencing of monkeypox virus from infected patients reveals viral genomes with APOBEC3-like editing, gene inactivation, and bacterial agents of skin superinfection. J Med Virol. 2023 Jun;95(6):e28799. doi: 10.1002/jmv.28799. PMID: 37342884.
Colson P, Fournier PE, Chaudet H, Delerce J, Giraud-Gatineau A, Houhamdi L, Andrieu C, Brechard L, Bedotto M, Prudent E, Gazin C, Beye M, Burel E, Dudouet P, Tissot-Dupont H, Gautret P, Lagier JC, Million M, Brouqui P, Parola P, Fenollar F, Drancourt M, La Scola B, Levasseur A, Raoult D. Analysis of SARS-CoV-2 Variants From 24,181 Patients Exemplifies the Role of Globalization and Zoonosis in Pandemics. Front Microbiol. 2022 Feb 7;12:786233. doi: 10.3389/fmicb.2021.786233. PMID: 35197938.
Morsli M, Boudet A, Kerharo Q, Stephan R, Salipante F, Dunyach-Remy C, Houhamdi L, Fournier PE, Lavigne JP, Drancourt M. Real-time metagenomics-based diagnosis of community-acquired meningitis: A prospective series, southern France. EBioMedicine. 2022 Oct;84:104247. doi: 10.1016/j.ebiom.2022.104247. PMID: 36087524.
