Benoît Desnues & Joana Vitte

L’équipe « Immunobiologie des relations hôtes-pathogènes: de la cellule à la clinique » consacre ses recherches à l’infection et à l’immunopathologie et vise à caractériser les interactions hôte-pathogène en utilisant des approches à haut débit pour identifier les signatures des maladies infectieuses et comprendre les mécanismes d’immunopathologie

Afin d’atteindre cet objectif, nos activités de recherche sont divisées en plusieurs projets :

1) Etude des interactions à travers des modèles d’infection in vitro/ex vivo et explorations des patients

Nos recherches portent principalement sur deux maladies infectieuses, la maladie de Whipple et la fièvre Q, causées respectivement par Tropheryma whipplei et Coxiella burnetii. Ces deux bactéries intracellulaires ciblent et se répliquent dans les cellules myéloïdes, notamment les macrophages. Nous avons largement évalué par le passé les réponses de l’hôte contre ces agents pathogènes. Aujourd’hui, nous étendons nos études à l’étude des déterminants bactériens, en particulier des protéines et des glycoprotéines exposées à la surface. De plus, les progrès des technologies de culture et de séquençage de nouvelle génération ont permis l’isolement et le séquençage de nombreux isolats cliniques que nous analysons afin de déterminer la diversité fonctionnelle en termes de potentiel pathogène.

Un autre aspect de notre recherche est l’exploration des patients par l’analyse transcriptome à partir d’échantillons ex vivo dans le but d’identifier des biomarqueurs de la susceptibilité et du pronostic.

2) évaluation des facteurs de l’hôte qui influent sur l’évolution de l’infection

Bien que les recherches épidémiologiques aient mis en évidence des différences significatives entre hommes et femmes en ce qui concerne la susceptibilité et les manifestations des maladies infectieuses, les données concernant les mécanismes biologiques sous-jacents sont étonnamment rares. Nous avons précédemment montré que les hommes sont plus sujets à l’infection à C. burnetii. Cela nous a conduit à identifier une signature inflammatoire chez les hommes infectés et une signature associée à une horloge moléculaire chez les femmes. Ainsi, nous sommes en train de déchiffrer le rôle des horloges moléculaires périphériques dans la susceptibilité à C. burnetii et les manifestations de la fièvre Q à travers des modèles cellulaires et l’exploration des patients.

D’autre part, le rôle de la grossesse dans la fièvre Q a été établi. Auparavant, nous avons caractérisé des sous-ensembles myéloïdes du placenta et analysé certains dysfonctionnements des macrophages du placenta associés à la chorioamniotite. Nous étudions maintenant la réponse des macrophages placentaires suite à l’infection par des isolats cliniques de C. burnetii d’origine placentaire).

3) mécanismes allergiques et dysimmunitaires associés à l’interaction hôte-microorganisme : de la paillasse à la clinique

L’interaction entre l’Homme et les micro-organismes peut aboutir à un commensalisme, une infection ou des affections dysimmunes telles que l’allergie et l’auto-immunité. Nous avons précédemment établi l’intérêt du modèle de sensibilisation à Aspergillus fumigatus pour l’étude des maladies allergiques graves, l’implication des mastocytes dans l’interaction fongique-immunitaire chez les patients atteints de fibrose kystique et abordé l’histoire naturelle de la sensibilisation allergique. Nos objectifs sont :

(1) Dissection fine des mécanismes conduisant à l’ignorance immunitaire, à la sensibilisation allergique / allergie ou à l’infection fongique. Le partenariat en cours avec l’équipe «Épidémiologie des maladies allergiques et respiratoires» (Professeur Isabella Annesi-Maesano, INSERM-UMRS 1136, Université Paris Sorbonne, France) sera poursuivi.

(2) Description plus détaillée de la physiopathologie de l’activation des mastocytes en présence de microorganismes exogènes ou résidents, ce qui permettra d’exploiter le potentiel clinique des médiateurs sécrétés par les mastocytes. Le partenariat en cours avec l’équipe du Labex Inflamex «Mastocytes et basophiles dans l’inflammation et le remodelage» (Dr Ulrich Blank, INSERM UMR 1149, Université Paris Diderot, France) sera poursuivi.

(3) Relation entre la composition et la dynamique du microbiote et le développement de maladies allergiques. Cet axe est développé en collaboration avec le département de pédiatrie de l’hôpital universitaire de Nîmes dirigé par le professeur Tu Anh TRAN, le département d’immunologie de l’hôpital universitaire de Nîmes dirigé par le professeur Pierre Corbeau et l’équipe de recherche «Domiciliation, activation immunitaire et infection» de l’Institut de Génétique Humaine IGH UMR 9002, Montpellier, France.