Michel Drancourt

L’Equipe 2 « Découverte d’agents pathogènes anciens et nouveaux » de l’unité de recherche MEPHI, développe 3 axes principaux  :

1. La paléomicrobiologie est l’étude des microbiotes anciens et vise à faire le diagnostic rétrospectif des maladies infectieuses à partir d’échantillons humains datant de plusieurs siècles [1]. La pulpe dentaire est le matériel clinique principal utilisé pour ces recherches qui permettent le diagnostic de la peste (infection à Yersinia pestis), du typhus (infection à Rickettsia prowazeki) [2] et des bartonelloses (infections à Bartonella quintana) mais également de démasquer la cause du décès par maladie infectieuse chez les personnages historiques comme cela a été récemment réalisé pour le Caravage chez qui nous avons diagnostiqué une très probable septicémie mortelle à Staphylococcus aureus [3]. Egalement, des travaux sur les échantillons anciens de plaques dentaires [4] ou des échantillons anciens de selles (coprolithes) [5] ont permis d’établir partiellement le répertoire du microbiote oral et du microbiote digestif, qu’il s’agisse de bactéries, d’archaea, de virus ou de parasites (amibes). Ce diagnostic rétrospectif des maladies infectieuses et l’exploration des microbiotes anciens ont été rendus possibles par la mise au point de techniques originales de laboratoire telles que la PCR suicide [6], génotypage par Multi-Spacer Typing [7], la métagénomique et de façon plus récente la méta-protéomique [8].
2. Un deuxième axe concerne la recherche des archaea associées au microbiote humain, plus particulièrement les méthanogènes associées aux muqueuses et leur implication possible dans certaines pathologies chez l’homme. L’utilisation de techniques originales de détection moléculaires par PCR séquençage et surtout d’isolement et de culture a permis la découverte de nouvelles espèces de méthanogènes associées à la muqueuse buccale d’une part [9] et à la muqueuse digestive d’autre part [10] et le rôle de ces méthanogènes dans les abcès contenant par ailleurs des bactéries anaérobies [11]. Actuellement, une partie des travaux vise à la recherche translationnelle pour établir des protocoles de diagnostic de ces méthanogènes dans la routine du diagnostic microbiologique ; et établir le rôle de ces méthanogènes dans des pathologies non-abcédées chez l’homme.
3. Un dernier axe de recherche concerne les mycobactéries, plus particulièrement la tuberculose pour laquelle nous tendons à améliorer le diagnostic par culture incluant les tests de sensibilité aux anti-infectieux dans une perspective patrimoniale [12]. Egalement, les mycobactéries non-tuberculeuses font l’objet de recherche, plus particulièrement Mycobacterium ulcerans, l’agent de l’Ulcère de Buruli pour lequel les travaux  actuels visent à améliorer encore le diagnostic (pour le rendre rapide au POC : Point-de-Soin), et à réaliser rapidement le diagnostic différentiel avec les autres microorganismes responsables d’ulcères et de plaies cutanées [13] ; enfin la recherche de sources de contaminations pour les populations dans les régions d’endémie.