L’activité de surveillance épidémiologique de l’IHU

Accueil Veille épidémiologique L’activité de surveillance épidémiologique de l’IHU

Le développement de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses et de la recherche en épidémiologie est l’un des objectifs de l’IHU Méditerranée Infection, qui comprend notamment l’introduction de nouveaux outils de détection des infections.

Depuis 2002, l’institut s’est ainsi doté de 5 outils de surveillance épidémiologiques (4 en France et 1 au Sénégal):

  • EPIMIC(EPIdemiological surveillance and alert based on MICrobiological data) 14: il est le premier système de surveillance épidémiologique de l’IHU. Depuis sa création en 2002, ce système analyse chaque semaine les données de microbiologie clinique produites par l’Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Entre Novembre 2002 et Octobre 2013, EPIMIC a ainsi permis la surveillance de 293 items incluant notamment 86 agents pathogènes et 39 profils de résistance aux antibiotiques. Au total, 1 390 689 échantillons biologiques ont été analysés par le système et 172 180 d’entre eux ont été identifiés comme positifs pour un agent pathogène. Parmi les pathogènes les plus fréquemment identifiés se retrouvent le virus respiratoire syncytial pour les prélèvements respiratoires (4 939 échantillons positifs), Escherichia coli pour les infections urinaires (42 874 souches), le rotavirus pour les échantillons de selles (2 464 échantillons positifs), les Staphylocoques à coagulase-négative pour les hémocultures (7 006 souches) et les enterovirus pour les liquides céphalo-rachidiens (922 échantillons positifs). Cette surveillance a permis l’identification de plusieurs évènements épidémiologiques dont certains ont donné lieu à des publications scientifiques 1-7,9,10,13. Depuis, EPIMIC a été mis en place dans deux groupements de village au Sénégal 27.
  • BALYSES (the Bacterial real-time Laboratory-based Surveillance System) 11: cet outil a été développé pour surveiller l’évolution du nombre de patients infectés/colonisés par plus de 600 espèces bactériennes sur la base des données de microbiologie clinique produites en routine par l’AP-HM. Entre Mai 2013 et Juin 2014, le système a généré 21 alarmes (6 confirmées après investigations complémentaires et 15 non confirmées). Ces alarmes ont conduit à l’émission de 5 rapports officiels à l’Agence Régionale de la Santé (ARS) de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA). Depuis, d’autres alarmes ont été émises, donnant lieu à d’autres rapports officiels à l’ARS, et certaines ont donné lieu à des publications scientifiques 15,16,18,22,25,28,29,31.
  • MARSS (the Marseille Antibiotic Resistance Surveillance System) 11: ce système de surveillance est entièrement dédié à la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques (59 profils de résistance aux antibiotiques suivis chez 15 espèces bactériennes d’intérêt clinique particulier) sur la base des données de microbiologie clinique produites en routine par l’AP-HM. Entre Mai 2013 et Juin 2014, le système a généré 31 alarmes (16 confirmées après investigations complémentaires et 15 non confirmées). Ces alarmes ont conduit à l’émission de 15 rapports officiels à l’ARS de la région PACA. Depuis, d’autres alarmes ont été émises, donnant lieu à d’autres rapports officiels à l’ARS, et certaines ont donné lieu à des publications scientifiques 12,21,24,33.
  • PACASurvE (the PACA Surveillance Epidemiological System) 30: pour faire simple, ce système de surveillance est le « grand frère » de BALYSES. En effet, bien qu’ayant été développé après, ce système assure la surveillance du nombre de patients infectés/colonisés par plus de 600 espèces bactériennes en utilisant les données de microbiologie produites par près de 300 laboratoires privés et publics de la région PACA 30.

Les systèmes de surveillance de l’IHU

Diagramme surveillance IHU

Réseau PACA de surveillance microbiologique des infections sur les données des laboratoires de microbiologie

Réseau PACA de surveillance microbiologique des infections fondée sur les données des laboratoires de microbiologie

Les publications et communications liées à l’activité de surveillance épidémiologique des infections de l’IHU Méditerranée Infection et du réseau PACASurvE

Mot-clés des titres des publications et communications :

Abat C, Raoult D, Rolain JM. Dramatic decrease of Streptococcus pneumonia infections in Marseille, 2003-2014. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015 Oct;34(10):2081-7. doi: 10.1007/s10096-015-2455-1. Epub 2015 Jul 26. PubMed PMID: 26210386.

Abat C, Kerbaj J, Dubourg G, Garcia V, Rolain JM. Human Infection with Sporolactobacillus laevolacticus, Marseille, France. Emerg Infect Dis. 2015 Nov;21(11):2106-8. doi: 10.3201/eid2111.151197. PubMed PMID: 26488681; PubMed Central PMCID: PMC4622267.

Bergal A, Loucif L, Benouareth DE, Bentorki AA, Abat C, Rolain JM. Molecular epidemiology and distribution of serotypes, genotypes, and antibiotic resistance genes of Streptococcus agalactiae clinical isolates from Guelma, Algeria and Marseille, France. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015 Dec;34(12):2339-48. doi: 10.1007/s10096-015-2487-6. Epub 2015 Sep 28. PubMed PMID: 26415872.

Delaunay E, Abat C, Rolain JM. Enterococcus cecorum human infection, France. New Microbes New Infect. 2015 Jun 15;7:50-1. doi: 10.1016/j.nmni.2015.06.004. eCollection 2015 Sep. PubMed PMID: 26199733; PubMed Central PMCID: PMC4506978.

Hajji H, Aherfi S, Motte A, Ravaux I, Mokhtari S, Ruiz JM, Poizot-Martin I, Tourres C, Tivoli N, Gérolami R, Tamalet C, Colson P. Diversity of 1,213 hepatitis C virus NS3 protease sequences from a clinical virology laboratory database in Marseille university hospitals, southeastern France. J Med Virol. 2015 Nov;87(11):1921-33. doi: 10.1002/jmv.24261. Epub 2015 Jun 12. PubMed PMID: 25959702.

Garcia V, Abat C, Moal V, Rolain JM. Citrobacter amalonaticus human urinary tract infections, Marseille, France. New Microbes New Infect. 2016 Jan 21;11:1-5. doi: 10.1016/j.nmni.2016.01.003. eCollection 2016 May. PubMed PMID: 26958347; PubMed Central PMCID: PMC4773506.

Abat C, Huart M, Garcia V, Dubourg G, Raoult D. Enterococcus faecalis urinary-tract infections: do they have a zoonotic origin? J Infect. 2016 Oct;73(4):305-13. doi: 10.1016/j.jinf.2016.07.012. Epub 2016 Jul 27. Review. PubMed PMID: 27475787.

Huart M, Abat C, Jimeno MT, Deparis X, Raoult D, Fournier PE. Compared lethality rates of Clostridium difficile infections at the local, regional and national levels in France. New Microbes New Infect. 2016 Jul 29;14:6-7. doi: 10.1016/j.nmni.2016.07.006. eCollection 2016 Nov. PubMed PMID: 27621820; PubMed Central PMCID: PMC5009227.

Abat C, Garcia V, Rolain JM. Facklamia hominis scapula abscess, Marseille, France. New Microbes New Infect. 2015 Nov 14;9:13-4. doi: 10.1016/j.nmni.2015.11.003. eCollection 2016 Jan. PubMed PMID: 26862429; PubMed Central PMCID: PMC4706599.

Garcia V, Abat C, Rolain JM. Report of the first Vagococcus lutrae human infection, Marseille, France. New Microbes New Infect. 2015 Nov 17;9:56-7. doi: 10.1016/j.nmni.2015.11.008. eCollection 2016 Jan. PubMed PMID: 26862437; PubMed Central PMCID: PMC4708070.

Lina Hamze, Gregory Dubourg, Michael Huart, Hervé Tissot-Dupont, Valérie Giordanengo, Cécile Poggi, Géraldine Gonfrier, Catherine Tamalet, Philippe Colson, Didier Raoult. Diminution de l’incidence des primo-infections primaires par le virus de l’immunodéficience humaine, mais pas des autres infections sexuellement transmissibles, en 2014-2015 en région Provence-Alpes-Côte-d’Azur. 36ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse. Paris, 2016.

Michael Huart, Hervé Chaudet, Cédric Abat, Philippe Colson, Jean Paul Casalta, Pierre Yves Levy, Jean Pierre Arzouni, Philippe Halfon, Alexandre Toro, Patricia Roussellier, Raymond Ruimy, Philippe Seyral, Jean Dominique Poveda, Éric Garnotel, Patrick Brunet, Pierre Hance, Nathalie Brieu, Christophe Marvejouls, Claude Bosi, Gabriel Bedubourg, Pierre Edouard Fournier, Jean-Marc Rolain, Xavier Deparis, Didier Raoult. Diversité des 673 espèces bactériennes isolées au sein d’un système de surveillance hebdomadaire des infections fondé sur 212 laboratoires publics et privés réalisant des analyses de microbiologie en région Provence-Alpes-Côte d’Azur. 36ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse. Paris, 2016.

Audrey Giraud-Gatineau, Grégory Dubourg, Frédérique Gouriet, Cédric Abat, Jean-Paul Casalta, Ousmane Oumou Diallo, Raymond Ruimy, Patricia Roussellier, Jean-Christophe Achiardy, Philippe Seyral, Jean-Pierre Arzouni, Sophie Baron, Claude Bosi, Nathalie Brieu, Philippe Brunet, Sabine Camiade, Carole Cassagne, Joseph Carvajal, Béatrice Comte, Edouard Delaunay, Philippe Delmas, Agnès Fribourg-Poulard, Eric Garnotel, Gisele Gay, Philippe Halfon, Pierre Hance, Eveline Jean, Stéphanie Joubert, Pierre-Yves Levy, Christophe Maruejouls, Sandra Meyer, François Parisot, Jean-Dominique Poveda, Stephane Ranque, Olivier Ridoux, Laurent Roudière, Philippe Stolidi, Hélène Thefenne, Alexandre Toro, Sarah Hammami, Michel Drancourt, Philippe Colson, Jean-Marc Rolain, Pierre-Edouard Fournier, Hervé Chaudet, Didier Raoult. Nouvelles espèces bactériennes et espèces bactériennes rares en 2017 dans la région Provence-Alpes-Côte d’Azur, réseau PACASurvE. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2018; présentation affichée P-136.

Dieng T, H. Chaudet, P. Colson, C. Abat, O. Diallo, C. Achiardy, J-P. Arzouni, C. Bosi, N. Brieu, P. Brunet, S. Camiade, J. Carvajal, J-P. Casalta, B. Comte, E. Delaunay, P. Delmas, G. Fesquet, A. Fribourg-Poulard, E. Garnotel, G. Gay, P. Halfon, P. Hance, E. Jean, S. Joubert, P-Y. Levy, C. Maruejouls, S. Meyer, F. Parisot, J-D. Poveda, L. Roudière, P. Roussellier, R. Ruimy, P. Seyral, P. Stolidi, H. Thefenne, A. Toro, B. Vache, M. Drancourt, P-E. Fournier, G. Dubourg, F. Gouriet, J-M. Rolain, D. Raoult. Top-15 de 272647 isolats cliniques bactériens de 292 laboratoires, PACA. 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2017; présentation affichée P-014.

Edouard S, Chaudet H, Jimeno MT, Colson P, Lagier JC, Parola P, Raoult D. Grippe et surinfection bactérienne, faut-il traiter la grippe par antibiotiques ? 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2017; présentation orale CO-011.

Colson P, Ollier L, Poggi C, Poveda JD, Martin A, Pugliese P, Dhiver C, Tissot-Dupont H, Dieng TC, Chaudet H, Roque-Afonso AM, De Monte A, Aherfi S, Motte A, Giordanengo V, Ménard A. Augmentation des cas d’hépatite A en région Provence-Alpes-Côte-d’Azur, 2017. 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2017; présentation orale CO-043.

Colson P, J-D. Poveda, T.C. Dieng, V. Moal, J-P. Arzouni, G. Gay, A. Toro, V. Nègre, S. Aherfi, H. Tissot-Dupont, C. Tamalet, A. Motte, C. Dhiver, P. Borentain, A. Ménard, R. Gérolami. Infections par le virus de l’hépatite E en Provence-Alpes-Côte-d’Azur, 2016. 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2017; présentation orale CO-044

Colson P, Jean-Dominique Poveda, Sabine Trombert, Laura Verdurme, Stéphanie Haïm-Boukobza, Audrey Giraud-Gatineau, Valérie Moal, Jean-Pierre Arzouni, Gisèle Gay, Alexandre Toro, Valérie Nègre, Valérie Giordanengo, Patricia Roussellier, Jean-Christophe Achiardy, Philippe Seyral, Jean-Pierre Arzouni, Claude Bosi, Nathalie Brieu, Philippe Brunet, Sabine Camiade, Sophie Burignat, Joseph Carvajal, Jean-Paul Casalta, Béatrice Comte, Edouard Delaunay, Philippe Delmas, Agnès Fribourg-Poulard, Eric Garnotel, Gisele Gay, Philippe Halfon, Pierre Hance, Stéphanie Joubert, Pierre-Yves Levy, Christophe Maruejouls, Sandra Meyer, François Parisot, Olivier Ridoux, Laurent Roudière, Philippe Stolidi, Hélène Thefenne, Sarah Hammami, Karim Kréchien, Virginie Chalvignac, Cécile Poggi, Hervé Chaudet, Hervé Tissot-Dupont, Isabelle Ravaux, Catherine Dhiver, Saadia Mokhtari, Sarah Aherfi, Catherine Tamalet, Anne Motte, Hervé Chaudet, Patrick Borentain, Amélie Ménard, René Gérolami. Infections par le virus de l’hépatite E en Provence-Alpes-Côte-d’Azur, 2017. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2018; présentation orale CO-054.

Anderson DJ, Richet H, Chen LF, Spelman DW, Hung YJ, Huang AT, Sexton DJ, Raoult D. Seasonal variation in Klebsiella pneumoniae bloodstream infection on 4 continents. J Infect Dis. 2008 Mar 1;197(5):752-6. doi: 10.1086/527486. PubMed PMID: 18260762.

Parola P, Colson P, Dubourg G, Million M, Charrel R, Minodier P, Raoult D. Letter to the editor. Group A streptococcal infections during the seasonal influenza outbreak 2010/11 in South East England. Euro Surveill. 2011 Mar 17;16(11). pii: 19816. PubMed PMID: 21435326.

Aherfi S, Ninove L, Zandotti C, Crepey P, Richet H, Nougairede A, de Lamballerie X, Charrel RN. Increased incidence of acute parvovirus B19 infections in Marseille, France, in 2012 compared with the 2002-2011 period. Clin Microbiol Infect. 2014 Mar;20(3):O176-81. doi: 10.1111/1469-0691.12366. Epub 2013 Nov 4. PubMed PMID: 24188076.

Colson P, Romanet P, Moal V, Borentain P, Purgus R, Benezech A, Motte A, Gérolami R. Autochthonous infections with hepatitis E virus genotype 4, France. Emerg Infect Dis. 2012 Aug;18(8):1361-4. doi: 10.3201/eid1808.111827. PubMed PMID: 22840196; PubMed Central PMCID: PMC3414032.

Colson P, Gouriet F, Badiaga S, Tamalet C, Stein A, Raoult D. Real-time laboratory surveillance of sexually-transmissible infections in Marseille University hospitals reveals rise of gonorrhoea, syphilis and human immunodeficiency virus seroconversions in 2012. Euro Surveill. 2013 Feb 14;18(7):4. PubMed PMID: 23449184.

Lagier JC, Dubourg G, Cassir N, Fournier PE, Colson P, Richet H, Brouqui P, Raoult D. Clostridium difficile 027 emerging outbreak in Marseille, France. Infect Control Hosp Epidemiol. 2013 Dec;34(12):1339-41. doi: 10.1086/673995. PubMed PMID: 24225631.

Abat C, Chaudet H, Raoult D, Colson P. Increasing trend of invasive group B streptococcal infections, Marseille, France. Clin Infect Dis. 2014 Mar;58(5):750-1. doi: 10.1093/cid/cit777. Epub 2013 Nov 26. PubMed PMID: 24280092.

Dubourg G, Abat C, Rolain JM, Raoult D. Correlation between sputum and bronchoalveolar lavage fluid cultures. J Clin Microbiol. 2015 Mar;53(3):994-6. doi: 10.1128/JCM.02918-14. Epub 2014 Dec 24. PubMed PMID: 25540405; PubMed Central PMCID: PMC4390670.

Michael Huart, Cédric Abat, Philippe Colson, Jean Paul Casalta, Pierre Yves Levy, Jean Pierre Arzouni, Philippe Halfon, Alexandre Toro, Patricia Roussellier, Raymond Ruimy, Philippe Seyral, Jean Dominique Poveda, Éric Garnotel, Patrick Brunet, Pierre Hance, Nathalie Brieu, Christophe Maruejouls, Claude Bosi, Gabriel Bedubourg, Xavier Deparis, Hervé Chaudet, Pierre Edouard Fournier, Jean Marc Rolain, Didier Raoult. Epidémiologie d’Aerococcus urinae au sein d’un système de surveillance hebdomadaire des infections bactériennes fondé sur 212 laboratoires publics et privés réalisant des analyses de microbiologie en région Provence-Alpes-Côte d’Azur. 36ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse. Paris, 2016. P335

Audrey Giraud-Gatineau, Cédric Abat, Ousmane Oumou Diallo, Mohammed Meftah, Raymond Ruimy, Patricia Roussellier, Jean-Christophe Achiardy, Philippe Seyral, Jean-Pierre Arzouni, Sophie Baron, Claude Bosi, Nathalie Brieu, Philippe Brunet, Sabine Camiade, Sophie Burignat, Carole Cassagne, Joseph Carvajal, Jean-Paul Casalta, Béatrice Comte, Edouard Delaunay, Philippe Delmas, Agnès Fribourg-Poulard, Eric Garnotel, Gisele Gay, Philippe Halfon, Pierre Hance, Eveline Jean, Stéphanie Joubert, Pierre-Yves Levy, Christophe Maruejouls, Sandra Meyer, François Parisot, Jean-Dominique Poveda, Stephane Ranque,Olivier Ridoux, Laurent Roudière, Philippe Stolidi, Hélène Thefenne, Alexandre Toro, Sarah Hammami, Karim Kréchien, Cécile Poggi, Guenièvre Imbert, Michel Drancourt, Pierre-Edouard Fournier, Grégory Dubourg, Frédérique Gouriet, Jean-Marc Rolain, Hervé Chaudet, Philippe Colson, Didier Raoult. Augmentation des infections à Staphylococcus saprophyticus en Provence-Alpes-Côte d’Azur. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2018; présentation affichée P-138.

Cédric Abat, Raymond Ruimy, Audrey Giraud-Gatineau, Ousmane Oumou Diallo, Patricia Roussellier, Jean-Christophe Achiardy, Philippe Seyral, Jean-Pierre Arzouni, Sophie Baron, Claude Bosi, Nathalie Brieu, Philippe Brunet, Sophie Burignat, Sabine Camiade, Joseph Carvajal, Jean-Paul Casalta, Carole Cassagne, Béatrice Comte, Edouard Delaunay, Philippe Delmas, Agnès Fribourg-Poulard, Eric Garnotel, Gisele Gay, Philippe Halfon, Pierre Hance, Eveline Jean, Stéphanie Joubert, Pierre-Yves Levy, Christophe Maruejouls, Sandra Meyer, François Parisot, Jean-Dominique Poveda, Stephane Ranque, Olivier Ridoux, Laurent Roudière, Philippe Stolidi, Hélène Thefenne, Alexandre Toro, Sarah Hammami, Karim Kréchien, Cécile Poggi, Guenièvre Imbert, Michel Drancourt, Pierre-Edouard Fournier, Grégory Dubourg, Frédérique Gouriet, Jean-Marc Rolain, Hervé Chaudet, Philippe Colson, Didier Raoult. Etude de la corrélation entre la température et l’incidence des infections à Pseudomonas aeruginosa et Klebsiella pneumoniae, PACASurvE, février 2014-décembre 2017. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2018; présentation affichée P-140.

Kempf M, Rolain JM, Azza S, Diene S, Joly-Guillou ML, Dubourg G, Colson P, Papazian L, Richet H, Fournier PE, Ribeiro A, Raoult D. Investigation of Acinetobacter baumannii resistance to carbapenems in Marseille hospitals, south of France: a transition from an epidemic to an endemic situation. APMIS. 2013 Jan;121(1):64-71. doi: 10.1111/j.1600-0463.2012.02935.x. Epub 2012 Jun 28. PubMed PMID: 23030740.

Rolain JM, Abat C, Brouqui P, Raoult D. Worldwide decrease in methicillin-resistant Staphylococcus aureus: do we understand something? Clin Microbiol Infect. 2015 Jun;21(6):515-7. doi: 10.1016/j.cmi.2015.04.017. Epub 2015 May 1. PubMed PMID: 25941171.

Abat C, Desboves G, Olaitan AO, Chaudet H, Roattino N, Fournier PE, Colson P, Raoult D, Rolain JM. Increasing burden of urinary tract infections due to intrinsic colistin-resistant bacteria in hospitals in Marseille, France. Int J Antimicrob Agents. 2015 Feb;45(2):144-50. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2014.10.010. Epub 2014 Nov 12. PubMed PMID: 25497970.

Abat C, Raoult D, Rolain JM. Low Level of Resistance in Enterococci Isolated in Four Hospitals, Marseille, France. Microb Drug Resist. 2016 Apr;22(3):218-22. doi: 10.1089/mdr.2015.0121. Epub 2015 Aug 6. PubMed PMID: 26247097.

Rolain JM, Abat C, Jimeno MT, Fournier PE, Raoult D. Do we need new antibiotics? Clin Microbiol Infect. 2016 May;22(5):408-15. doi: 10.1016/j.cmi.2016.03.012. Epub 2016 Mar 26. Review. PubMed PMID: 27021418.

Abat C, Raoult D, Rolain JM. Decreasing level of resistance in invasive Klebsiella pneumoniae strains isolated in Marseille, January 2012-July 2015. Springerplus. 2016 May 17;5:631. doi: 10.1186/s40064-016-2296-0. eCollection 2016. PubMed PMID: 27330897; PubMed Central PMCID: PMC4870489.

Abat C, Rolain JM, Dubourg G, Fournier PE, Chaudet H, Raoult D. Evaluating the clinical burden and mortality attributable to antibiotic resistance: the disparity of empirical data and simple model estimations. Clin Infect Dis. 2017 Aug 15;65(suppl_1):S58-S63. doi: 10.1093/cid/cix346. PubMed PMID: 28859341.

Abat C, Fournier PE, Jimeno MT, Rolain JM, Raoult D. Extremely and pandrug-resistant bacteria extra-deaths: myth or reality? Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2018 Sep;37(9):1687-1697. doi: 10.1007/s10096-018-3300-0. Epub 2018 Jun 28. Review. PubMed PMID: 29956024.

Seng P, Abat C, Rolain JM, Colson P, Lagier JC, Gouriet F, Fournier PE, Drancourt M, La Scola B, Raoult D. Identification of rare pathogenic bacteria in a clinical microbiology laboratory: impact of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. J Clin Microbiol. 2013 Jul;51(7):2182-94. doi: 10.1128/JCM.00492-13. Epub 2013 May 1. PubMed PMID: 23637301; PubMed Central PMCID: PMC3697718.

Abat C, Chaudet H, Colson P, Rolain JM, Raoult D. Real-Time microbiology laboratory surveillance system to detect abnormal events and emerging infections, Marseille, France. Emerg Infect Dis. 2015 Aug;21(8):1302-10. doi: 10.3201/eid2108.141419. PubMed PMID: 26196165; PubMed Central PMCID: PMC4517727.

Nougairède A, Charrel RN, Raoult D. Models cannot predict future outbreaks: A/H1N1 virus, the paradigm. Eur J Epidemiol. 2011 Mar;26(3):183-6. doi: 10.1007/s10654-010-9533-6. Epub 2010 Dec 14. PubMed PMID: 21153911.

Colson P, Rolain JM, Abat C, Charrel R, Fournier PE, Raoult D. EPIMIC: a simple homemade computer program for real-time EPIdemiological surveillance and alert based on MICrobiological data. PLoS One. 2015 Dec 14;10(12):e0144178. doi: 10.1371/journal.pone.0144178. eCollection 2015. PubMed PMID: 26658293; PubMed Central PMCID: PMC4682850.

Abat C, Colson P, Chaudet H, Rolain JM, Bassene H, Diallo A, Mediannikov O, Fenollar F, Raoult D, Sokhna C. Implementation of Syndromic Surveillance Systems in Two Rural Villages in Senegal. PLoS Negl Trop Dis. 2016 Dec 7;10(12):e0005212. doi: 10.1371/journal.pntd.0005212. eCollection 2016 Dec. PubMed PMID: 27926917; PubMed Central PMCID: PMC5167408.

Huart M, Bedubourg G, Abat C, Colson P, Rolain JM, Chaudet H, Fournier PE, Raoult D, Deparis X. Implementation and initial analysis of a laboratory-based weekly biosurveillance system, Provence-Alpes-Côte d’Azur, France. Emerg Infect Dis. 2017 Apr;23(4):582-589. doi: 10.3201/eid2304.161399. PubMed PMID: 28322712; PubMed Central PMCID: PMC5367396.

Mlaga KD, Dubourg G, Abat C, Chaudet H, Lotte L, Diene SM, Raoult D, Ruimy R, Rolain JM. Using MALDI-TOF MS typing method to decipher outbreak: the case of Staphylococcus saprophyticus causing urinary tract infections (UTIs) in Marseille, France. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017 Dec;36(12):2371-2377. doi: 10.1007/s10096-017-3069-6. Epub 2017 Aug 22. PubMed PMID: 28831634.

Huart M, Abat C, Colson P, Casalta JP, Levy PY, Arzouni JP, Halfon P, Toro A, Rousselier P, Ruimy R, Seyral P, Poveda JD, Garnotel E, Brunet P, Hance P, Brieu N, Bedubourg G, Chaudet H, Fournier PE, Rolain JM, Deparis X, Raoult D. Surveillance épidémiologique des maladies infectieuses et alertes fondées sur les données des laboratoires de microbiologie de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur. 35ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse. 2015. P430

Abat C, Colson P, Chaudet H, Raoult D. (2016) Real-time surveillance of bacteria and antibiotic resistance over 15 months using BALYSES and MARSS surveillance systems, Marseille, France. Poster affiché lors du 26ième congrès annuel de l’European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Amsterdam – P1053

Audrey Giraud-Gatineau, Philippe Colson, Cédric Abat, Ousmane Oumou Diallo, Raymond Ruimy, Patricia Roussellier, Jean-Christophe Achiardy, Philippe Seyral, Jean-Pierre Arzouni, Sophie Baron, Claude Bosi, Nathalie Brieu, Philippe Brunet, Sabine Camiade, Sophie Burignat, Carole Cassagne, Joseph Carvajal, Jean-Paul Casalta, Béatrice Comte, Edouard Delaunay, Philippe Delmas, Agnès Fribourg-Poulard, Eric Garnotel, Gisele Gay, Philippe Halfon, Pierre Hance, Eveline Jean, Stéphanie Joubert, Pierre-Yves Levy, Christophe Maruejouls, Sandra Meyer, François Parisot, Jean-Dominique Poveda, Stephane Ranque, Olivier Ridoux, Laurent Roudière, Philippe Stolidi, Hélène Thefenne, Alexandre Toro, Sarah Hammami, Karim Kréchien, Cécile Poggi, Guenièvre Imbert, Michel Drancourt, Grégory Dubourg, Frédérique Gouriet, Pierre-Edouard Fournier, Jean-Marc Rolain, Hervé Chaudet, Didier Raoult. Évolution du réseau PACASurve de surveillance des infections en région Provence-Alpes-Côte d’Azur de juillet 2013 à juillet 2018. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2018; présentation affichée P-137.

Audrey Giraud-Gatineau, Cédric Abat, Ousmane Oumou Diallo, Mohammed Meftah, Raymond Ruimy, Patricia Roussellier, Jean-Christophe Achiardy, Philippe Seyral, Jean-Pierre Arzouni, Sophie Baron, Claude Bosi, Nathalie Brieu, Philippe Brunet, Sabine Camiade, Sophie Burignat, Carole Cassagne, Joseph Carvajal, Jean-Paul Casalta, Béatrice Comte, Edouard Delaunay, Philippe Delmas, Agnès Fribourg-Poulard, Eric Garnotel, Gisele Gay, Philippe Halfon, Pierre Hance, Eveline Jean, Stéphanie Joubert, Pierre-Yves Levy, Christophe Maruejouls, Sandra Meyer, François Parisot, Stephane Ranque, Jean-Dominique Poveda, Olivier Ridoux, Laurent Roudière, Philippe Stolidi, Hélène Thefenne, Alexandre Toro, Sarah Hammami, Karim Kréchien, Cécile Poggi, Guenièvre Imbert, Grégory Dubourg, Frédérique Gouriet, Philippe Colson, Michel Drancourt, Pierre-Edouard Fournier, Jean-Marc Rolain, Hervé Chaudet, Didier Raoult. Analyse des données rapportées par le réseau de surveillance microbiologique PACASurvE, 2013-2017. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Paris, 2018; présentation affichée P-139.

Vous connecter avec vos identifiants

Vous avez oublié vos informations ?